Hrvatska je u područje gospodarenja vodama primjenila Okvirnu direktivu o vodama (2000/60/EC), međutim njena primjena eliminira mikrobiološku analizu vode.. U radu su prikazani rezultati istraživanja mikrobiološke kakvoće vode na pastrvskom uzgajalištu i tovilištu tuna, s ciljem da se ukaže na značaj mikrobiološke analize vode u akvakulturi sa stanovišta osiguranja odgovarajuće kakvoće vode za uzgoj, kao i praćenje utjecaja uzgoja na vodeni okoliš u kojem je smješteno uzgajalište.. Heterotrofne bakterije su dobri indikatori obogaćenja organskom tvari i postoji pozitivna korelacija broja heterotrofnih bakterija s veličinom/gustoćom ribe te količinom organske tvari. Rezultati istraživanja na tovilištu tuna ukazali su na veće vrijednosti fekalnih indikatora, što je posljedica neprimjerene hranidbe tuna koja je privukla kolonije galebova, uzrokujući fekalno onečišćenje i utječući na mikrobiološku kakvoću morske vode.. Može se zaključiti kako je sustavno praćenje mikrobioloških pokazatelja vode od izuzetne važnosti u akvakulturi, te predstavlja važan čimbenik pravilnog gospodarenja u vodenom okolišu..; Croatia has implemented the Water Framework Directive (2000/60/EC) in the field of water management; however, this implementation eliminates microbiological analysis of water. . The paper presents the results of an investigation of microbiological quality of water in a trout farm and a tuna feedlot with the aim to draw attention to the significance of microbiological analysis of water in aquaculture from the viewpoint of ensuring adequate water quality for farming as well as monitoring of farming impact on aquatic environment where a farm is located. . Heterotrophic bacteria are good indicators of enrichment with organic matter, with a positive correlation between the number of heterotrophic bacteria and the size/density of fish and quantity of organic matter. The results of investigation in the tuna feedlot revealed higher values of faecal indicators as a consequence of inadequate feeding of tuna which attracted seagull colonies, caused faecal pollution and had an impact on microbiological quality of seawater. . It can be concluded that systematic monitoring of microbiological parameters in water is of extreme significance for aquaculture and an important factor of adequate management in the aquatic environment.